Hiểu biết về hệ thuỷ văn rất quan trọng trong việc nắm rõ chức năng của hệ đầm phá. Dự án IMOLA đã tiến hành nghiên cứu thí điểm hệ thuỷ văn ở đầm Sam Chuồn vào tháng 9/2007.

Đợt điều tra đã được tiến hành tại 5 địa điểm (4 đường cắt ngang) trong vòng 5 ngày, đo lường mức thuỷ triều, độ sâu, vận tốc và hướng nước- các chỉ số chính; độ mặn, độ pH và nhiệt độ- các chỉ số bổ sung, tất cả đều được tiến hành đo lường theo phương pháp của Trung tâm khí tượng-Việt Nam (1981).

Liên quan đến nghiên cứu này, cuộc điều tra đã lấy mẫu nước kiểm tra tại các khu vực nuôi tập trung tại đầm Sam Chuồn. Có 8 điểm quan trắc được đặt tại các khu vực nuôi tập trung cao như Quảng An và Quảng Thành (3 điểm), và khu vực đầm phá Thuận An, Phú An, Phú Mỹ và Phú Xuân (5 điểm) (xem tại Điều tra nước và Trầm tích).